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TLDR: 北京+在校学生+集体户口+泰国SRS，可以改证！可以改证！可以改证！
和各个部门磨了三个多月终于拿到了新的户口卡，这里具体说明一下经验和可行的流程，希望能让同类少受一些折腾。
首先要确认的一点是，尽管过去北京可能存在类似于集体户口不允许修改户口主项的规定，至少目前并不存在这样的限制，但学校保卫处/辖区派出所等方面未必清楚。这种情况下可以直接与上级联系（比如区分局的人口管理部门），要求上级联系辖区派出所做出说明。此外，部分地区（如上海）和部分学校（如中科院）存在现行的集体户口不允许修改的规定，已知可行的方法是（相对耗时的）迁回生源地户口或信访。
在北京，依据公安部有关规定需要提交的材料至少有：（医院开具的诊断证明原件+公证书）或（司法鉴定书原件）；户口本或（集体户口盖章首页复印件+个人户口卡）；身份证复印件；本人申请书；申请表格。此外，有关部门可能要求提交的材料还有：学校学籍管理部门出具的知情同意书；学校保卫处/户籍管理部门出具的知情同意书；医院出具的手术证明书翻译件或中文手术证明书；本人护照页复印件及出入境记录。建议每项材料都按照下面说明的形式提交，以避免格式或表述等问题带来麻烦。
1. 医院开具的诊断证明：目前北医三院院方不允许开具证明。我在北大人民医院妇科开到了证明，可以现场或app挂号且不限制就诊人性别，诊断证明需要的内容可以参考潘医生处之前开出的证明，注意需要有医生和医院盖章。分局的工作人员有和我提到过诊断证明上应有类似”社会性别女“的表述，因此这里给出的可能不是最符合有关部门期待的说法，开证明时可以再和医生沟通一下。另外，已知复旦大学司法鉴定中心可以开具性别鉴定（法医社会学鉴定），但在北京我尝试联系过的司法鉴定机构均表示不能进行此类鉴定（注意与通过染色体进行的性别鉴定区分）。
2. 公证书：需要公证的内容为医院的诊断证明（即印鉴真实且复印件与原件相符）。我在国信公证处进行的公证，具体公证员的联系方式可以私信我或者问潘医生。
3. 本人申请书：注意需要符合格式。
4. 申请表格：派出所曾要求我补充填写一份申请表格，内容大致为填写申请项目并声明提交材料真实，需要本人和经办警官签字。如果在派出所提交材料时没有被要求填写类似的表格建议当场询问。
5. 学校出具的知情同意书：这一部分建议提前和学校有关部门沟通好。注意还需要出具一份户籍管理部门的知情同意书，形式类似。非学生可能被要求提交工作单位知情同意书。
6. 手术证明：Thiti处直接出具了一份中文证明。派出所可能会要求出具外文证明的有效翻译件，这种情况下建议与上级沟通。
7. 出入境记录：我被要求提交了护照首页及出入境章页复印件。若没有此类材料（如自助出通关），区分局的出入境大厅可以开具。
理论上来说业务规定在20个工作日内办结，但提交材料后可能会被多次打回要求补充材料。个人的经历是4月中旬提交材料1/2/3/5后被打回4次（原因分别是未提交1原件、3格式不正确、补充4、补充6&7），每次提交后如果不催促需要超过一周才会得到反馈。因此建议准备好充足时间，同时及时与派出所和分局沟通确认是否已经向上递交/收到/在审材料。不过我的经历只代表个体状况，可能有更简便的方式，也可能将来出现新的阻碍，希望有（不同地域的）相关经验的朋友能分享更多信息。
其它方面：学籍，由学校学籍办向省级教育部门申请，当日可以办结；银行/手机号，直接在柜台递交材料，注意储蓄卡/信用卡/证券账户可能要分别办理；护照，可以直接以信息变更导致原护照失效为由换发（而不是首次申请），这样可以加注上一本护照号。
参考